Ziel der Stiftung Mercator GmbH ist es, Europa zu stärken, Integration durch gleiche Bildungschancen für alle zu verbessern, die Energiewende als Motor für globalen Klimaschutz voranzutreiben und kulturelle Bildung in Schulen zu verankern. Es geht der Stiftung um die Stärkung des Zusammenhalts und der Handlungsfähigkeit Europas.

Schwerpunktthema 2017/2018 ist die Europäische Migrationspolitik.